一审法院认为：

      本案的争议焦点有三：1．买卖合同是否有效；2．买卖合同能否继续履行；3．如何认定被告石磊的违约责任。

      涉讼买卖合同对标的物坐落位置、建筑面积、房屋类型等的约定，与不动产登记簿记载的内容一致。该不动产登记簿记载的内容具有公示、公信效力，一方面表明被告为涉讼房屋的登记权利人，依法享有该房屋的所有权和土地使用权；另一方面表明涉讼房屋的登记信息具有权利的正确性推定效力，可推定登记的权利状态、范围与现实的客观状态相符，善意相对人因信赖该登记的正确性而与登记权利人签订合同，该合同的效力不因登记的错误或权利内容的状态而受影响。原、被告签订买卖合同时，虽然房屋现状已与登记信息不一致，但双方在合同中记载的仍是登记的房屋状况，且被告石某未举证证明其于签订买卖合同时，已将涉讼房屋现状与登记信息不符的事实如实告知原告丁某如。因此，原告对于本案纠纷的发生无过错，应属善意信赖不动产登记信息的合同当事人，法律应当保护原告的此种信赖利益，此亦系强化不动产公示、公信效力的要求。虽然涉讼房屋被行政机关限制交易，买卖合同的履行可能存在障碍，但根据我国《物权法》区分原则，转让不动产的合同，除法律另有规定或合同另有约定外，自合同成立时生效，未办理无权登记，不影响合同效力，因此，不能因涉讼房屋过户存在障碍就否认其买卖合同的有效性。原、被告就涉讼房屋签订的买卖合同，不具备我国《合同法》第52条规定的无效情形，应属有效。

      关于涉讼买卖合同能否继续履行的问题。虽然行政机关对涉讼房屋的权利转移作出限制，但物权未灭失，不能就此认定买卖合同法律上或事实上履行不能。行政机关限制交易的目的在于督促违法行为人纠正违法行为，履行法律手续；被告即使未出售房屋，也应按照行政机关的要求进行整改，使房屋恢复至合法状态，恢复原状系被告应尽的行政法上的义务。被告石某明知涉讼房屋附有违法建筑仍予出售，应依诚实信用原则全面履行合同义务；对于涉讼房屋存在的违法状态，应自行采取相应措施予以消除后交付原告。经法院释明，原告丁某如同意被告按现状交付房屋，并自愿替代被告承担恢复原状的义务，原告的意思表示不违反法律、行政法规的禁止性规定，亦符合行政机关的执法目的，法院予以准许。原告在恢复原状时，房屋的四至、外观形状、层高等应与登记内容一致，质量应符合国家规定的建筑标准。被告应于原告恢复原状、通过行政机关审查认可并撤销交易限制后再协助原告办理产权手续。

      现被告石某未能按合同约定向原告丁某如交付涉讼房屋，应承担相应的违约责任。涉讼房屋被行政机关限制办理产权转移登记，原告明知此风险仍选择继续履行合同并自愿承担恢复原状的义务，因此被告能否实现权利交付取决于涉讼房屋恢复状况及行政机关行政审查的限制，故被告逾期交房的违约责任应计算至实际交付房屋时止。原告所支付款项中的2000万，由中原公司代为保管至双方进交易中心后再转交被告，现原告已按约履行该付款义务，但因目前无法办理过户登记，中原公司向被告转交的条件尚未成就，故违约金的计算基数应以被告实际收到的数额为标准。

      综上，原告丁某如的诉讼请求具有事实和法律依据，依法予以支持；被告石某的反诉请求于法无据，依法不予支持。据此，法院依照《中华人民共和国合同法》第六条、第四十四条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条之规定，于2010年9月8日判决：

      一、被告石某将涉讼房屋交付原告丁某如；

      二、被告石某支付原告丁某如逾期交房违约金，以人民币100万元为本金，从2008年11月9日至实际交付房屋时止，按每日万分之五计算；

      三、被告石某应于原告丁某如将涉讼房屋恢复至产权登记状态且行政机关撤销上述房屋房地产转移登记限制后协助原告丁某如办理上述房屋的房地产权变更登记手续；

      四、原告丁某如支付被告石某剩余购房款人民币3500万元；

      五、驳回被告石某的反诉请求。

      二审法院认为：

      行政机关已认定涉讼房屋是附有违法建筑并结构相连的房屋，上诉人石某认为涉讼房屋系重建的房屋，但不能改变其违法的性质。上诉人与被上诉人丁某如买卖涉讼房屋的意思表示及交易价格系属真实，结合不动产登记的公示、公信效力，双方签订的买卖合同当属有效。因行政机关的权利限制是为督促违法行为人予以改正，在上诉人未能积极履行相应义务的情况下，被上诉人同意上诉人按现状交付房屋，并自愿替代上诉人承担恢复义务，故在被上诉人完成恢复义务，行政机关撤销限制权利转移后，双方完成权利交付是可行的，买卖合同能够继续履行。

      综上，一审判决认定事实清楚，适用法律正确，程序合法。上诉人石某的上诉理由不能成立。据此，法院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第(一)项之规定，于2010年11月24日判决：

      驳回上诉，维持原判。