1、项目转让付款问题
房地产开发项目所包括的内容极为复杂，不管是项目的转让还是项目公司的转让，在整个转让交易活动中，需要办理的手续都极为繁琐，同时要清算和落实项目资产情况及负债情况都需要大量时间，付款方式也成为房地产开发项目转让交易活动中不得不考虑的一个问题。这其中需要注意，一旦土地使用权转让登记，即便转让款项尚未付清，受让人依然享有不动产物权，转让人只享有向受让人的主张权。现在通常采用银行保函、双方共同监管或第三方托管的方式，来规避转让付款所产生的风险，保证在办理转让手续期间不出现其他风险因素。
2、土地负担问题
在项目转让交易中，项目转让人为了获得更多的利益，很有可能会在转让交易时故意隐瞒在土地使用权或地上物上存在的负担，这种隐瞒行为可能会导致转让合同的失效，或因为债务的相对性而不会损害受让人的实际利益，但由于立法或司法解释的改变，这种隐瞒行为很可能会对受让人形成直接的经济损失。
比如以往的法律规定，工程款如何支付是发包人与承包人的事，土地使用权在项目建设期间转让，尚未支付的工程款，承包人只能与用地人进行交涉，对土地使用权的受让人无法主张权利。而在新《合同法》中，第二百八十六条则规定，发包人未按约定支付价款的，承包人可催告发包人在合理期限内支付价款，发包人逾期支付的，除按照建设工程的性质不能折价、拍卖的部分以外，可以与发包人将该工程适宜部分进协议折价，或申请人民法院将工程进行拍卖，以优先偿还建设工程价款。这种债随地走和优先受偿的原则，如果用地人在转让土地使用权时隐瞒了有关工程款支付的事实，承包人在主张权利时有了向土地使用权受让人主张权利的可能。
3、合同问题
项目转让交易活动，需要注意所有转让、受让的当事人必须以书面形式协商一致，项目所涉及的各种政府批文包括立项和规划批文均需在合同中一一列明。整个转让交易活动，必须符合项目开发过程不同阶段中政府有关的转让条件。对于成立了项目公司的项目转让，如果是以股权转让方式对全部项目或部分项目进行转让的，必须按公司法中有关规定办理工商变更登记手续，并办理房地产转让变更登记手续，澄清债权债务并约定公告程序。如果项目转让时未按出让合同约定期限和条件进行开发，转让合同需要约定补办政府主管部门认可手续及具体责任人，如果合同中的土地使用年限已经开始使用的，应在合同约定的土地使用年限中作相应的扣除。如果是已经实行预售的房地产项目，双方应约定通知预购业主，并在合约中明确因此引起相应责任时的处理方法。
